Le Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) représente une menace virale émergente pour la productivité des cultures protégées de tomates et de poivrons dans le monde entier. Ce virus a obtenu le statut d’organisme de quarantaine dans les pays de l’Union européenne (UE). En particulier, les semences de tomates et de poivrons devront être exemptes du ToBRFV avant d’entrer dans l’UE et d’être commercialisées. Des tests de laboratoire sont donc nécessaires.
Cette étude développe et valide une plateforme LAMP de transcription inverse en une étape pour la détection du ToBRFV dans les feuilles de tomate et de poivron, par un test en temps réel [amplification isothermique médiée par boucle de transcription inverse (RT-LAMP)] et un dépistage visuel (RT-LAMP visuel). En outre, ces méthodes peuvent également être appliquées avec succès pour la détection du ToBRFV dans les graines de tomate et de poivron.
La spécificité et la sensibilité diagnostiques de la RT-LAMP et de la RT-LAMP visuelle sont toutes deux de 100 %, avec une limite de détection de près de 2,25 fg/μl, montrant la même sensibilité que la RT-qPCR Sybr Green, mais 100 fois plus sensible que les méthodes de diagnostic RT-PCR au point final. Dans les semences contaminées artificiellement, les tests LAMP proposés ont détecté le ToBRFV dans 100 % des lots de semences contaminés, pour des taux de contamination allant jusqu’à 0,025-0,033 % chez la tomate et le poivron, respectivement.
Les résultats démontrent que les tests LAMP proposés sont simples, peu coûteux et suffisamment sensibles pour la détection du ToBRFV, en particulier pour les tests sanitaires des semences. Par conséquent, ces méthodes ont un grand potentiel d’application dans la détection de routine du ToBRFV, à la fois dans les semences et les plantes, réduisant ainsi le risque d’épidémies.
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Rizzo, Domenico & Da Lio, Daniele & Panattoni, Alessandra & Salemi, Chiara & Cappellini, Giovanni & Bartolini, Linda. (2021). Rapid and Sensitive Detection of Tomato Brown Rugose Fruit Virus in Tomato and Pepper Seeds by Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Assays (Real Time and Visual) and Comparison With RT-PCR End-Point and RT-qPCR Methods. Frontiers in Microbiology. 12. 640932. 10.3389/fmicb.2021.640932.
