Le Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) appartenant au genre Tobamovirus, est un virus à ARN à sens positif. Le virion du ToBRFV est une particule en forme de bâtonnet d’environ 18 nm de diamètre et 235 ± 123 nm de longueur.
Le génome de l’ARN simple brin à sens positif est long d’environ 6 400 nucléotides, codant pour les quatre ORF (open reading frames ou cadre de lecture ouvert) de deux protéines réplicases, la protéine d’enveloppe (CP) et la protéine de mouvement (MP).
L’allèle de résistance Tm-22 a fourni pendant des décennies aux cultivars de tomate commerciaux une large résistance aux tobamovirus. Plusieurs travaux publiés ont démontré que des mutations dans la protéine de mouvement (MP) du virus de la mosaïque du tabac (TMV) et du virus de la mosaïque de la tomate permettaient de surmonter les allèles de résistance Tm-2 et Tm-22, respectivement, et de la même manière. La rupture de la résistance du ToBRFV a été aussi attribuée à la MP virale.
Les tobamovirus sont très stables et persistent dans des conditions environnementales extrêmes. Ils sont très bien conservés dans les débris végétaux, le sol et les outils agricoles. En effet, le TMV reste infectieux dans les débris de racines enterrés pendant au moins 13 mois. Le sol contaminé sert de source primaire d’infection via les plantules dont les racines sont endommagées.
La persistance des Tobamovirus dans le sol dépend de divers facteurs, y compris la teneur en argile, la matière organique, la force ionique et le pH. Ces deux derniers facteurs (la force ionique et le pH du sol) sont négativement corrélés à une abondance élevée de virus dans le sol en affectant l’attachement du virus à diverses surfaces.
Plusieurs stratégies de désinfection du sol, telles que la solarisation et la vapeur, ainsi que l’application de désinfectants disponibles dans le commerce pour inactiver les tobamovirus, ont permis de réduire efficacement l’infectiosité du virus. Cependant, les mécanismes des effets des désinfectants sur la stabilité du ToBRFV n’ont pas été beaucoup étudiés. La plage de pH la plus large trouvée pour le potentiel infectieux viable du TMV se situait entre pH 2 et pH 8.
Concernant l’infection des plantes sensibles par le ToBRFV via le sol, il a été démontré que la transmission du tobamovirus se fait par des blessures dans les extrémités des racines, et que le virus atteint les parties supérieures des plantes. D’après des résultats de recherche, il a été constaté que le potentiel infectieux du virus dans un sol naturellement infecté semble dépendre de la durée du cycle de croissance de la culture infectée.
Dans une étude récente, les chercheurs se sont concentrés sur l’examen de la longévité du ToBRFV et l’infection via le sol dans des conditions de contamination naturelle survenant après un cycle de croissance de 6 mois de cultures contaminées. Ils ont testé l’infectiosité en utilisant des plantules de tomates tronquées au niveau des racines.
Ils ont aussi étudié la sensibilité des virions du ToBRFV aux traitements avec des solutions acides et alcalines afin de promouvoir des stratégies d’assainissement des sols qui réduiront le potentiel infectieux du ToBRFV dans les sols contaminés.
Pour tester l’effet du pH alcalin sur le sol infecté par le ToBRFV, quatre solutions de traitement différentes ont été préparées, dont deux à base de Cl-TSP (97 % de phosphate trisodique, 3 % de chlore). Les quatre traitements du sol étaient les suivants : eau du robinet (pH = 8,35), 3 % de Cl-TSP (pH = 11,6), 3 % de Cl-TSP + 1 % de KOH (pH = 12,47) et eau du robinet additionnée de NaOH (pH = 13,0).
Il a été constaté que le traitement d’un sol naturellement contaminé avec 3 % de Cl-TSP réduisait de manière significative l’infection des plants de tomates par le sol par rapport au témoin positif non traité, en même temps que la réduction des niveaux de CP du ToBRFV. Il y a une corrélation positive étroite entre le potentiel infectieux et l’amplification du génome LS (large segment) des virions ToBRFV traités au pH dans la gamme de pH de 3 à 10.
Un triple mécanisme de désinfection est attribué aux solutions Cl-TSP :
– le phosphate agit comme un tensioactif ;
– le pH élevé provoque la dégradation des protéines ;
– l’hypochlorite dans les solutions aqueuses agit comme un agent oxydant et chlorant.
Il est nécessaire pour les stratégies de désinfection des sols, de prendre en considération l’attachement des virus à diverses surfaces dans les sédiments aquifères, principalement contrôlé par des interactions électrostatiques. La désinfection du sol pourrait être améliorée par l’utilisation de solutions désinfectantes alcalines ou l’ajout de solutions alcalines aux autres stratégies de désinfection telles que l’étuvage ou la solarisation.
